Porém Stifel não conformou-se corretamente à fé católica e ele ficou infeliz tirando dinheiro dos pobres. Ele foi forçado a sair do monastério de Esslingen em 1522. Ele buscou refúgio com luteranos e finalmente foi para Wittenberg onde morou durante algum tempo na própria casa de Luther.
Em 1523 Luther obteve uma posição de pastor para Stifel mas a pressão anti-luterana o forçou a sair de várias posições. Em 1528, Luther montou uma paróquia em Lochau (agora Annaberg). Stifel cometeu o erro de predizer o fim do mundo e quando perceberam que ele estava errado foi preso e despedido de seu posto.
Em 1535 ele entrou para uma paróquia em Holzdorf e permaneceu lá durante 12 anos. Na Guerra religiosa de Schmalkaldic de 1547, o duque luterano Maurice de Saxônia e imperador romano Charles V tentaram levar uma região de Saxônia longe do controle protestante. Stifel foi forçado a fugir novamente da paróquia dele.
Nesta época Stifel foi para Prussia e obteve uma paróquia perto de Königsberg. Durante este tempo ele dissertou em matemática e teologia na Universidade de Königsberg. Argumentos com colegas conduzidos ao retorno dele para Saxônia três anos depois. Em 1559 Stifel obteve um posto na Universidade de Jena onde ele dissertou em aritmética e geometria.
A pesquisa de Stifel estava em aritmética e álgebra. Ele inventou logaritmos independentemente de Napier usar uma aproximação totalmente diferente. O trabalho mais famoso dele Arithmetica integra foi publicado em 1544 enquanto ele estava em Holzdorf. O trabalho contém coeficientes de binômio e a anotação +, -, Ö.
Stifel usou uma reestruturação inteligente das cartas LEO DECIMVS para "provar" que Leo X era 666, o número da besta cedido do Livro de Revelação.
(Tradução livre do artigo de: John J. O'Connor e Edmund F. Robertson)
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